Nachdem die zweite Hohnstorfer Schule auf dem Deich für die immer größer werdende Anzahl von Schülern zu klein wurde, entschloss man sich den früheren Bahnhof von Hohnstorf (Trajektanstalt) als Schule zu nutzen. 1959 erfolgte dort der Einzug mit 90 Kindern in zwei Klassenräumen. Zu der Zeit wurde das Gebäude  auch noch als Wohnraum genutzt. Es befanden sich mehrere Wohnungen im Erd- und Obergeschoß.Im Laufe der Jahre erfolgten mehrere Um- und Erweiterungsbauten.

1971 wurde, nachdem die letzten Wohnungen frei waren, das gesamte Obergeschoß für Schulzwecke ausgebaut. Es kamen neben weiteren Klassenräumen auch ein Lehrmittelraum, ein Rektorzimmer, ein Arzt- und Elternsprechzimmer sowie ein großer Zeichenraum dazu.

Am 02.03.1973 wurde die, für 654.000,- DM neu erbaute, Turnhalle eingeweiht.

2003 war eine grundlegende Sanierung der gesamten Schule innen und außen erforderlich geworden. In diesem Rahmen wurden auch zwei weitere Schulklassen geschaffen, deren Einweihung erfolgte im August 2003.

2005 wurde die große Dreifeldsporthalle ihrer Bestimmung übergeben.

Die Schulleiter in der dritten Hohnstorfer Schule:

Rudolf Hillmer bis 1959

Alfred Constin vom 01.04. 1960  bis zum 01.08.1965

Gerhard Glink vom 01.12.1965 bis zum 31.01.1980

Hannelore Augustin vom 01.02.1980 bis zum 1.01.2008

Henning Torp vom 01.02.2008 bis zum 31.07.2015

Ragnar Struss ab dem  01.08.2015